Package org.biojava.nbio.structure.chem

Class ChemCompAtom

  • All Implemented Interfaces:
    java.io.Serializable, CifBean
    public class ChemCompAtom
extends java.lang.Object
implements CifBean
    Properties of an atom of a chemical component.
    Since:
    6.0.0
    Author:
    Sebastian Bittrich
    See Also:
    Serialized Form

    • Constructor Detail

      • ChemCompAtom

        public ChemCompAtom()

    • Method Detail

      • getCompId

        public java.lang.String getCompId()

      • setCompId

        public void setCompId​(java.lang.String compId)

      • getAtomId

        public java.lang.String getAtomId()

      • setAtomId

        public void setAtomId​(java.lang.String atomId)

      • getAltAtomId

        public java.lang.String getAltAtomId()

      • setAltAtomId

        public void setAltAtomId​(java.lang.String altAtomId)

      • getTypeSymbol

        public java.lang.String getTypeSymbol()

      • setTypeSymbol

        public void setTypeSymbol​(java.lang.String typeSymbol)

      • getCharge

        public int getCharge()

      • setCharge

        public void setCharge​(int charge)

      • getPdbxAlign

        public int getPdbxAlign()

      • setPdbxAlign

        public void setPdbxAlign​(int pdbxAlign)

      • getPdbxAromaticFlag

        public java.lang.String getPdbxAromaticFlag()

      • setPdbxAromaticFlag

        public void setPdbxAromaticFlag​(java.lang.String pdbxAromaticFlag)

      • getPdbxLeavingAtomFlag

        public java.lang.String getPdbxLeavingAtomFlag()

      • setPdbxLeavingAtomFlag

        public void setPdbxLeavingAtomFlag​(java.lang.String pdbxLeavingAtomFlag)

      • getPdbxStereoConfig

        public java.lang.String getPdbxStereoConfig()

      • setPdbxStereoConfig

        public void setPdbxStereoConfig​(java.lang.String pdbxStereoConfig)

      • getModelCartnX

        public double getModelCartnX()

      • setModelCartnX

        public void setModelCartnX​(double modelCartnX)

      • getModelCartnY

        public double getModelCartnY()

      • setModelCartnY

        public void setModelCartnY​(double modelCartnY)

      • getModelCartnZ

        public double getModelCartnZ()

      • setModelCartnZ

        public void setModelCartnZ​(double modelCartnZ)

      • getPdbxModelCartnXIdeal

        public double getPdbxModelCartnXIdeal()

      • setPdbxModelCartnXIdeal

        public void setPdbxModelCartnXIdeal​(double pdbxModelCartnXIdeal)

      • getPdbxModelCartnYIdeal

        public double getPdbxModelCartnYIdeal()

      • setPdbxModelCartnYIdeal

        public void setPdbxModelCartnYIdeal​(double pdbxModelCartnYIdeal)

      • getPdbxModelCartnZIdeal

        public double getPdbxModelCartnZIdeal()

      • setPdbxModelCartnZIdeal

        public void setPdbxModelCartnZIdeal​(double pdbxModelCartnZIdeal)

      • getPdbxComponentCompId

        public java.lang.String getPdbxComponentCompId()

      • setPdbxComponentCompId

        public void setPdbxComponentCompId​(java.lang.String pdbxComponentCompId)

      • getPdbxResidueNumbering

        public java.lang.String getPdbxResidueNumbering()

      • setPdbxResidueNumbering

        public void setPdbxResidueNumbering​(java.lang.String pdbxResidueNumbering)

      • getPdbxComponentAtomId

        public java.lang.String getPdbxComponentAtomId()

      • setPdbxComponentAtomId

        public void setPdbxComponentAtomId​(java.lang.String pdbxComponentAtomId)

      • getPdbxPolymerType

        public java.lang.String getPdbxPolymerType()

      • setPdbxPolymerType

        public void setPdbxPolymerType​(java.lang.String pdbxPolymerType)

      • getPdbxRefId

        public java.lang.String getPdbxRefId()

      • setPdbxRefId

        public void setPdbxRefId​(java.lang.String pdbxRefId)

      • getPdbxComponentId

        public java.lang.String getPdbxComponentId()

      • setPdbxComponentId

        public void setPdbxComponentId​(java.lang.String pdbxComponentId)

      • getPdbxOrdinal

        public int getPdbxOrdinal()

      • setPdbxOrdinal

        public void setPdbxOrdinal​(int pdbxOrdinal)